Аркеас телепортирует Рея к себе, о вне время и пространства, и после фразы "найди всех покемонов покемонов, и мы встретимся вновь" превращает наш телефон в Арк-Фон, и телепортирует нас в Хисуи. Где нас находит профессора Лавентон. Точнее, его привели к нам, сбежавшие от него стартовики. Профессор представляется нам, и сообщает что мы упали из пространственно-временного разлома в небе. И стартовики снова убегают от профессора, а он бежит за ними. Ну а мы - за профессором. По дороге находим наш арк-фон. Догнав профессора он просит нас помочь ему поймать этих сорванцов, так как сам он в бросании покеболлов не силён (и даёт нам 50! покеболлов на эту троицу). Удивлённый нашим успехом, в благодарность за помощь и зная что нам негде остановиться - Лавентон приглашает нас с собой в Джубилайф. Он обещает помочь нам обустроиться. Очевидно, что в маленькой деревушке незнакомец в странной одежде (это для нас - футболка, это обычная вещь) привлекает много внимания не подозрений. У штаба мы встречаем помощницу профессора, Акари. Которая не сразу поверила что мы смогли поймать троих покемонов (покеболлы - это ноу-хау, и пользоваться ими ещё мало кто умеет). Профессор уходит отчитываться, что вернул беглецов, а заодно попросить начальство нас принять на службу. Капитан разведкорпуса Силлен принимает просьбу профессора, если мы пройдём вступительное испытания, то нас примут, а если нет - ищи другую работу. С точки зрения Акари - задача нам предстоит весьма не простая - поймать 3х разных покемонов: бидуфа, старли и шинкса. Хорошо выспавшись в выданном нам однокомнатном доме, мы отправляемся выполнять вступительный экзамен. На выходе из города нас встречает Воло из торговой гильдии, который уже наслышан о нас и предлагает провести битву. (То, что он использует тогепи 5 уровня - отсылка, что Синтия в соответвующих играх даёт нам яйцо этого покемона), а после возвращаемся к испытанию. Благодаря советам Акари мы ловим всех троих. Теперь мы официально приняты в разведкорпус Галактики, получаем форму, после чего представляемся командору Камадо, и получаем задание заполнить покедекс.
Исследуя регион Хисуи, нам предстоит не только изучить его покемонов. Но и узнать о кланах Алмаза и Жемчуга. Каждый из этих кланов поклоняется "Всемогущему Синно", создателю мира. Беда в том, что кланы не могут прийти к соглашению, кто же такой "Всемогущий Синно" - бог времени или пространства. Но оба клана имеют большую поддержку у местного населения (из-за чего Галактике приходится прикладывать усилия для сохранения отношения с этими кланами), и консерваторы - они считают что они живут правильно, в мире и согласии с покемонами, а покеболлы - зло. Иногда из пространственно-временной дыры бьёт молния, которая поражает Благородного покемона (о котором заботится "Хранитель" из соответствующего клана. Т.е. тут не совсем поклонение, но высокое почитание покемонов). Благородный покемон становится крайне агрессивным и нападает и на людей и на покемонов. Успокоив "одичавшего" благородного покемона, бальзамом из его любимое еды - мы возвращаем ему чистоту разума. С другой половиной благородных покемонов, нам предстоит тем или иным образом сдружиться. И так, каждый из благородных покемонов одарит нас плитой (той, что меняет тип акеуса).
Подружимся мы, как не удивительно - с нашими транспортными средствами: вирдир (быстрый бег), урасуна (ломание препятствий, тряска деревьев для сбора плодов и т.п.), баскулиджи (плавание), снизлер (карабкание по склонам) и брэйвиари (полёт)
Ну а побеждать предстоит: кливор, лилигант, арканайн, электрод и авалагг. Здесь хочется выделить арканайна. Дело в том, что сам арканайн погиб, его унесло волной когда он спасал щенков. И мы поможем "сыну занять трон отца", ну а сразу после этого - молния, безумие, "битва".
В роли злодеев, что будут нам мешать - выступает целое 3. Бандиты, что зовут себя "Сёстрами Мадам Фортуны".
После того, как мы успокоили авалагга, пространственно-временной разлом над горой Коронет (Диадема, у нас), расширился и небо окрасилось в красный. Подозревая что мы, как-то связаны с этими бедами, Камадо изгоняет нас из Джубилайфв. А так как благодаря Рею Галактика обрела вес в обществе, то уже кланы отказываются принять нас, дабы не ссориться с Камадо. Однако, нам свою помощь предлагает Воло, и он проводит нас в секретное поселение гильдии Гинко, Древнее Убежище. Там нам рассказываю, о красной цепи (да-да, той самой), с помощью которой можно закрыть разлом. Кто может создать эту цепь? Правильно. Озёрное трио. Но не бойтесь, сотрудничество будет добровольным.
Получив цепь, мы возвращаемся в Джубилайф, что бы понять что наш начальник с Охранным корпусом отправился к храму на вершине Коронет, что бы сразиться с покемонами, которых видели в разломе (решил бить их на выходе, а не как в Тихоокеанском рубеже, когда они уже у города будут). Камадо признает, что ошибся на наш счёт и извиняется (правда, по традиции, после того как мы его победим)
В зависимости от того, главу какого клана мы просили о помощи, в храме нам встречается Палкия или Диалга. Пытаемся успокоить его красной цепью, но она оказывается какой-то бракованной - и покемон ломает её. Приходится успокаивать его по-старинке. А следом появляется второй покемон, и нам приходится отступать. Но, благодаря наставлениям уже пойманной легенды, Лавентон создает из обломков красной цепи "ОригинБолл". И с новым "супер-оружием" мы возвращаемся в храм. Который, можно сказать прямо при нас, ломает легендарный покемон когда принимает свою оригинальную форму (и храм теперь становится таким, каким он и сохранился в Синно, "Острая колонна"). Одолев и поймов в оригинболл оригинальную диалгу/палкию, мы закрываем разлом. Небо становится прежним, Алмаз и Жемчуг понимаю что оба ошибались и откладывают разногласия в сторону. Пир в честь победы!
После пира, Воло отводит нас в сторону. И просит найти остальные плиты. Когда Рей собирает 17 из 18 плит, Воло расказываем ему о гиратине - покемоне столь же могущественном как Диалга и Палкия, но изгнанный Аркеусом в другое измерение за свою жестокорость. И вместе с Воло, Рей возвращается в руны того храма. И там мы узнаем, что именно Воло, в поисках Гиратины, создал тот пространственно-временной разлом. А хотел он - что бы явился Аркеус, и с его помощью - создать новый мир. Начинается битва. Сначала с Воло, а потом и с Гиратиной. После нашей победы над Гиратиной, Воло отдаёт нам последнюю плиту. И наша флейта с помощью которой вызывали ездовых покемонов, становится "лазурной". Воло в гневе недоумевает, почему Аркеус избрал именно Рея, и уходит, обещая что когда-нибудь поймает Аркеаса и создаст новый мир. И не важно, уйдут на это годы, десятилетия или века.
И после завершения покедекса, сыграв на этой флейте в этом же храме, мы попадаем к самому Аркеуса, где ловим его. И после этого, мы уже полностью завершаем покедекс